Партія Зелених України є однією із найстарших партії України. Перший (установчий) з`їзд ПЗУ відбувся 30 вересня 1990 року в Києві.Ініціаторами створення партії - нової політичної сили у ще Радянській Україні - стала група активістів Всеукраїнської екологічної асоціації "Зелений світ". Сама асоціація була створена в 1987 році й продовжує працювати й до сьогодні.
24 травня 1991 року Партія Зелених України була офіційно зареєстрована Міністерством юстиції України.
Вищим органом партії є з"їзд. Постійно діючі органи партії - Центральна Координаційна Рада, Політрада, Секретаріат, обласні, районні, міські, сільські організації ПЗУ.
За даними Секретаріату ПЗУ, станом на 1 липня 2009 року діє 26 обласних організацій та прирівняних до них та 561 місцева організація ПЗУ. Членами партії є майже 28 000 людей.
Протягом 1990-1992 років лідером ПЗУ був лікар, письменник, відомий громадський діяч Юрій Щербак. У червні 1991 року Щербак був призначений міністром охорони навколишнього середовища (згодом працював послом в Ізраїлі, США та Канаді).
9 жовтня 1992 році на ІІІ з"їзді ПЗУ Головою Партії Зелених України був обраний Віталій Кононов.
4 серпня 2006 року на ХІV з’їді партії Головою ПЗУ був обраний Володимир Костерін.
Cьогодні лідером українських Зелених є Тетяна Кондратюк. Вона була обрана головою ПЗУ на ХVIII позачерговому з’їзді партії 24 жовтня 2009 року.
Рішенням VII з"їзду ПЗУ, що відбувся у травні 1999 року, лідер українських Зелених Віталій Кононов взяв участь в президентських виборах як кандидат у Президенти України.
У липні 2004 року, ХІ з"їзд ПЗУ висунув Віталія Кононова кандидатом на пост Президента України від партії Зелених України. 23 вересня 2004 року Центральна Координаційна Рада Партії Зелених України на своєму засіданні ухвалила рішення про відмову від подальшої участі в кампанії по виборам Президента України. Того ж дня кандидат на пост Президента України від ПЗУ, голова ПЗУ Віталій Кононов звернувся в Центральну виборчу комісію із заявою про зняття своєї кандидатури. У другому турі виборів-2004 ПЗУ підтримала кандидатуру Віктора Ющенка на пост Президента України.
Щодо участі ПЗУ у виконавчій владі, то в період з березня 1999 року по липень 2001 року заступник голови ПЗУ Олег Шевчук очолював Державний комітет зв"язку та інформатизації України.
З липня 2001 по листопад 2002 року Міністерство екології та природних ресурсів України очолював заступник голови ПЗУ, голова Політради ПЗУ Сергій Курикін.
З 24 жовтня 2009 року Партію Зелених України очолювала Тетяна Кондратюк - екс-заступник Міністра у справах сім’ї молоді та спорту.
На ювілейному, ХХ з'їзді Партії Зелених України, новим головою партії було обрано Дениса Москаля.
Денис Москаль входить до Партії Зелених України з 2009 року. На сьогоднішній день він також очолює депутатську фракцію «Республіка Київ» у Київській міській раді.
