Ініціаторами створення партії - нової політичної сили у ще Радянській Україні - стала група активістів Всеукраїнської екологічної асоціації "Зелений світ" (асоціація була створена в 1987 році і продовжує працювати і сьогодні).
24 травня 1991 року Партія Зелених України була офіційно зареєстрована Міністерством юстиції України.
Вищим органом партії є з"їзд. Постійно діючі органи партії - Центральна Координаційна Рада, Політрада, Секретаріат, обласні, районні, міські, сільські організації ПЗУ.
За даними Секретаріату ПЗУ, станом на 1 січня 2006 року зареєстровано 27 обласних організацій. Зареєстровано та працює 673 місцевих організацій. Членами партії є 70.065 людей.
Керівники ПЗУ:
Протягом 1990-1992 років лідером ПЗУ був лікар, письменник, відомий громадський діяч Юрій Щербак. У червні 1991 року Щербак був призначений міністром охорони навколишнього середовища (згодом працював послом в Ізраїлі, США та Канаді). 9 жовтня 1992 році на ІІІ з"їзді ПЗУ Головою Партії Зелених України обирають Віталія Кононова. Cьогодні лідером українських Зелених є Володимир Костерін.
Останній черговий - ХІ з"їзді ПЗУ відбувся 24 липня 2004 року.
Президентські вибори.
Зелені України першими в світі посягнули на пост глави держави. Рішенням VII з"їзду ПЗУ, що відбувся у травні 1999 року, лідер українських Зелених Віталій Кононов взяв участь в президентських виборах як кандидат у Президенти України.
За п"ять років, у липні 2004 року, ХІ з"їзд ПЗУ висунув Віталія Кононова кандидатом на пост Президента України від партії Зелених України. 23 вересня 2004 року Центральна Координаційна Рада Партії Зелених України на своєму засіданні ухвалила рішення про відмову від подальшої участі в кампанії по виборам Президента України. Того ж дня кандидат на пост Президента України від ПЗУ, голова ПЗУ Віталій Кононов звернувся в Центральну виборчу комісію із заявою про зняття своєї кандидатури. У другому турі виборів-2004 ПЗУ підтримала кандидатуру Віктора Ющенка на пост Президента України.
Виконавча влада. В період з березня 1999 року по липень 2001 року заступник голови ПЗУ Олег Шевчук очолював Державний комітет зв"язку та інформатизації України.
Від липня 2001 по листопад 2002 року міністерство екології та природних ресурсів України очолював заступник голови ПЗУ, голова Політради ПЗУ Сергій Курикін.
